由于醫(yī)療工藝流程設計不到位，往往在醫(yī)院的建設過程中，造成各醫(yī)療功能單元間及其內部流程混亂，臨時改變原來的建筑設計，造成建設投資額的巨大浪費，或者在醫(yī)院建設完成之后再來改變醫(yī)院的單元流程，重新去布置調整科室，影響醫(yī)院整體醫(yī)療活動。

針對已建成的醫(yī)療建筑存在醫(yī)療工藝流程不甚合理的問題，經過分析研究，造成此類問題的原因可歸納以下幾點：

在醫(yī)院建筑設計中，醫(yī)療工藝流程是設計的重要參考因素，只有對醫(yī)療工藝流程有一個比較清晰的認識和了解，才能夠設計出滿意、有特色的醫(yī)院建筑。醫(yī)院建筑設計人員的背景以建筑專業(yè)為主，其專業(yè)背景缺乏醫(yī)療的專業(yè)知識，而醫(yī)院的管理人員雖然有豐富的專業(yè)知識，但其又缺乏建筑設計的知識。在目前國內的建筑設計中，通常是設計單位提供的設計方案中標后，大多是按照中標方案做局部的調整，再結合一般醫(yī)院的設計習慣并開始進一步的深化設計。

醫(yī)院建筑一般都屬于大型公共建筑，根據(jù)我國現(xiàn)有的有關制度，其設計任務基本都是通過公開招投標進行委托的，而且現(xiàn)在的設計招標時間相對比較短，在具體實踐中，為了使醫(yī)院盡快投入使用，給設計單位進行方案設計、初步設計、施工圖設計的時間相對有限。

醫(yī)院建筑歸民用建筑，設計人員在設計的過程中一般按民用建筑的設計要求及深度進行，對醫(yī)療工藝流程設計不夠重視。